Масҷиди ба номи Ҳоҷӣ Яъқуб соли 1890 таъсис ёфтааст. Cолҳои 1920 - 1943 фаъолияташ бо сабаби динситезии режими комунистӣ қатъ гардида буд ва аз соли 1944 дубора фаъолияташ оғоз шуда  то ба имрӯз фаъолият карда истодааст.

Соли 1994 бинои қадимаи масҷид аз байн бардошта шуд. Соли 1995 бинои асосии масҷиди нав дар ҳаҷми ду ошёна бо гунбад  ва биноҳои ду паҳлуи масҷид сохта шуд (солҳои фаъолияти муфтигии Ҳоҷӣ Фатҳуллоҳхон Шарифзода).

Аз соли 1996 оғоз намуда корҳои тармиму таъмири дохил ва деворҳои беруни масҷид оғоз гардид ва соли 2009 ошёнаи аввал, фарш ва деворҳои даруну беруни масҷид ба пуррагӣ анҷом ёфт (дар замони фаъолияти Раиси Маркази исломӣ Ҳоҷӣ Амонуллоҳи Неъматзода).

Солҳои 2010-2014 тармиму таъмири таҳхона ва ошёнаи дуюми масҷид ва таҳоратхонаи он, инчунин болопӯши биноҳои масҷид ва Маркази исломӣ  ба пуррагӣ анҷом гирифт (дар замони фаъолияти Раиси Маркази исломӣ Саидмукаррам Абдуқодирзода).

Дар шафати масҷиди ба номи Ҳоҷӣ Яъқуб идораи Маркази исломии Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Раёсати Шӯрои уламо ҷойгир аст.

Масҷиди ҷомеи марказии шаҳри Душанбе ба номи Ҳоҷӣ Яъқуб дар як вақт имкони гунҷоиши 10-12 ҳазор намозгузорро дорад.